Seikon no Qwaser

Oribe Mafuyu et Yamanobe Tomo sont deux étudiantes à l'académie St Minkhalov dirigé par le père de Tomo. Mafuyu défend constamment Tomo, car toutes les deux sont sujet aux brimades des autres élèves de l'école. Un jour, Mafuyu fait la rencontre d'un jeune garçon russe prénommé Aleksander Nikolaevich Her, se présentant comme un "Qwaser", des êtres capables de manipuler les éléments, pour combattre. Il défend la fille contre une attaque d'un de ces "Qwaser". Commence alors une lutte entre l'Eglise et ces combattants, pour une relique qui renfermerait des secrets, et les deux jeunes filles se retrouvent entrainée au milieu de tout cela...